Prima ancora che fosse costituita la Parrocchia di Bidogno, venne costruito nell’ambito di questo territorio un luogo di culto, verso il 1450.
Era chiamato Oratorio, in quanto raccoglieva la gente del paese e dei dintorni per gli incontri di preghiera e per la Messa festiva che veniva celebrata da un cappellano non ancora residente nel vicinato e che dipendeva dalla Parrocchia di Tesserete, dove risiedeva il parroco di tutta la Pieve. Il primo Oratorio edificato in Bidogno era stato dedicato fin dall’inizio all’Apostolo San Barnaba.
Infatti il Santo titolare di questo sacro edificio, si riteneva, da antica tradizione, fosse stato il primo Vescovo di Milano e
Bidogno faceva parte della Pieve di Ca-priasca che dipendeva civilmente e religiosamente da Milano. La chiesa plebana divenne poi prepositurale (con il parroco preposto e il collegio dei Canonici) era sorta a Tesserete, capoluogo della Valle e da essa dipendevano gli Oratori e le cappelle dei centri abitati circostanti (questo già negli anni 1100-1200).
La consacrazione dell’Oratorio San Barnaba di Bidogno, risale al 1487. Al primo edificio, di piccole dimensioni, vennero fatte delle aggiunte, per ordine dell’Arcivescovo Carlo Borromeo, al momento in cui lui stesso stese il decreto di costituzione della Parrocchia di Bidogno e così il primitivo Oratorio divenne chiesa parrocchiale.
Essendo sorti in seguito dei dissensi, vennero sospesi i lavori per ben 27 anni e furono portati a termine negli anni 1606-1609 (data che ancora si può osservare su uno stipite della cappella della Madonna annessa alla chiesa), dopo un ulteriore intervento da parte del Cardinale Federico Borromeo. Vi fu costruita come aggiunta una cappella maggiore (l’attuale presbiterio) e una sacrestia.
Il Battistero vi fu inserito nel 1639, anno in cui la Parrocchia fu dotata, con documento apostolico, di un parroco residente, nella persona di don Francesco Quirici.